Maahad Tahfiz Al-Khairiah Mersing(MATAM) ditubuhkan hasil dari kajian dan pandangan yang dibuat terhadap perjalanan dan pelaksanaan Kelas Aliran Tahfiz di SMA Al Khairiah Al Islamiah Mersing (SMAAM) yang telah dipilih sebagai salah sebuah  SMA di negeri Johor untuk melaksanakan aliran tahfiz di sekolah masing-masing. Kelas Aliran Tahfiz ini mula dijalankan pada tahun 2002 dengan meletakkan objektif apabila tamat tingkatan lima pelajar-pelajar aliran ini mampu menghafaz sekurang-kurangnya lima juzuk. 

Bermula September 2012, institusi pendidikan tahfiz ini telah bertukar pengurusan dan pentadbirannya kepada ditadbir urus sepenuhnya oleh Pertubuhan Al-Khairiah Mersing (PPM-008-01-03082012). Institusi ini beroperasi sebagai Institusi Tahfiz Bersepadu (Tahfiz,Bahasa Arab, Akedemik dan Turathi) serta berdaftar dengan Jabatan Agama Johor (JAJ.PEND.301.01/177/4-43).